L'école d'infirmières de S. José de Cluny a eu sa genèse avec l'arrivée à Madère (1939) de Mère Pedro Tavares, membre de la Province portugaise des Sœurs de São José de Cluny, de Paris, où elle a travaillé à l'Institut Pasteur . La Congrégation des Sœurs de Saint Joseph de Cluny est organisée en 30 provinces, patentes dans 57 pays dont les activités sont visibles dans les domaines de l'Education, de la Santé, de l'Evangélisation et de l'Action Sociale. L'ESESJCluny est le seul établissement d'enseignement supérieur régi par cette province, qui en est l'entité institutrice. 

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Cluny est intimement convaincue d'avoir contribué à ce que les services de santé de Madère, du Portugal et du monde soient dotés de professionnels aux compétences adaptées aux besoins des patients et conformes aux meilleures pratiques recommandées.

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L'ESESJCluny célèbre chaque année la Journée de l'école le 13 octobre, jour de sa création officielle.