Le Bureau de la Qualité (GQ) a été créé en 2013 et a marqué le début d'un chemin qui s'avère être une valeur ajoutée pour l'ESESJCluny. Le GQ est responsable de la mise en place de procédures et de mécanismes d'évaluation interne des activités pédagogiques et scientifiques, ainsi que des services de l'École, disposant à cet effet d'une équipe d'auditeurs internes et externes. 

​

Le Système d'Assurance Qualité Interne (SIGQ) est certifié (ASIGQ/21/00001) pour une durée de six ans par Agence d'évaluation et d'accréditation de l'enseignement supérieur (A3ES).