La Escuela de Enfermería de S. José de Cluny tuvo su génesis con la llegada a Madeira (1939) de la Madre Pedro Tavares, miembro de la Provincia portuguesa de las Hermanas de São José de Cluny, de París, donde trabajaba en el Instituto Pasteur . La Congregación de las Hermanas de San José de Cluny está organizada en 30 provincias, patentes en 57 países cuyas actividades son visibles en las áreas de Educación, Salud, Evangelización y Acción Social. ESESJCluny es la única Institución de Educación Superior regida por dicha Provincia, que es su Entidad Instituyente. 

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Cluny tiene la firme convicción de haber contribuido a que los servicios sanitarios de Madeira, Portugal y el mundo estén dotados de profesionales con competencias adecuadas a las necesidades de los pacientes y de acuerdo con las mejores prácticas recomendadas.

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ESESJCluny celebra anualmente el Día Escolar el 13 de octubre, día de su creación oficial.